Para el liberalismo político, las leyes e instituciones deberán inspirarse en supremos criterios de razón, ajenos al influjo religioso, relegado a la conciencia individual. Esto se traduce en la utopía de separar en la persona ciudadanía y dimensión religiosa, aumentando las posibilidades de que los deberes cívicos acaben chocando con los deberes de conciencia. Pese a su pretendido respeto de la libertad, en la práctica se trata de Estados que intervienen fuertemente sobre la sociedad, desplazando los grupos intermedios, con tendencia a monopolizar amplios espacios de la vida social, o por lo menos a condicionarlos con su poderosa presencia.Ante los dilemas morales que suelen darse en la medicina, economía, enseñanza, información, la seguridad social,la administración fiscal, etc., se responde con leyes convertidas en norma moral, sobre la única base de haber sido emanada según un procedimiento democrático. Así, la objeción de conciencia moderna puede aparecer como una suerte de revancha de la conciencia personal, que se rebela contra el ostracismo que le hubieran impuesto la razón ilustrada y el positivismo.
Soluciones llegan con el madurar de la experiencia democrática, y la efectiva protección de los derechos inherentes a la dignidad humana como ámbitos de libertad personal, protegidos por el derecho, que técnicamente se traducen en otros tantos ámbitos de no injerencia del poder político. Entre esos derechos de libertad ocupan un lugar de primer orden los de pensamiento, conciencia y religión, cada uno con sus características singulares, pero estrechamente relacionados entre sí, en cuanto expresión de la dignidad espiritual de la persona. Sintéticamente, significa que las convicciones ideológicas, éticas y religiosas de los ciudadanos no son en sí mismas cuestiones políticas, ni están sujetas a las decisiones del poder, que se reconoce incompetente para imponer determinadas respuestas a los interrogantes suscitados en esas dimensiones personales. Podemos decir que la búsqueda de la verdad, del bien, de la belleza y de Dios es libre de Estado, que no puede interferir en ella o mediatizarla. El papel de la moral pública, elemento integrante del orden público, es señalar los límites de la tolerancia civil, no el de justificar la imposición de unas determinadas opciones éticas.
En efecto, sólo en una sociedad en la que el poder político está decididamente limitado por los derechos de los ciudadanos, controlado por instancias de poder independientes, y en la que los gobernantes necesitan tener de su lado la opinión pública, deja de ser obvio que la ley deba prevalecer siempre sobre la conciencia de aquél a quien va dirigida.No es sólo que el jefe no puede mandar todo, sino que tampoco puede hacerlo una ley, aunque represente formalmente la voluntad de la mayoría. Por otra parte, tampoco el ejercicio de la autoridad puede someterse en todo a la conciencia de los individuos. Éstas son las coordenadas político sociales que permiten hoy trasladar el tema a la sociedad y a los poderes públicos, planteándolo como problema jurídico, lo que antes era sólo un drama personal, que en nada parecía afectar a la aplicación inexorable de las leyes. La objeción de conciencia, un derecho-deber que recién comienza en Chile.